Коли Бог відкрив двері залізної завіси, пресвітеріанський місіонер і пастор з Америки Джон Бін Чой приїхав до Москви і став проповідувати Євангеліє Ісуса Христа, відкрив там дві церкви. У березні 1994 року пастор Чой переїхав до Києва, на територію України, а в 1995 році відкрив Київську духовну семінарію на вулиці Граматній. КТС отримав статус вищого навчального закладу від Міністерства релігій України у жовтні 1995 року.
Лекції здебільшого проводили професори та пастори з Америки та Кореї. Навчання у семінарії розпочалося 28 червня 1997 року. Як обіцяв Ісус у Матвія 7:7: "Просіть, і Бог дасть вам", Бог почув молитви багатьох студентів і благословив купівлею ділянки землі, на якій у 1997 році на вулиці Героїв Дніпра почали будувати церкву з червоної цегли. Розташування було зручним, оскільки будівля знаходилася за п'ять хвилин ходи від станції метро. Будівництво завершили освяченням, і 17 червня 2000 року почалася нова ера семінарії.
З того часу, за останні тридцять років, понад 600 християнських лідерів були споряджені для вітчизняної та зарубіжної місій. Навесні 2015 року було відкрито філію у Німеччині. Випускники КБС несуть служіння не лише в Центральній Азії, а й на славу Божу, поширюють місію по всій Європі. Ми вдячні Богу за тих лідерів, які закінчили КБС, за їхнє посвячення та служіння всередині нації та за кордоном.